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Algae-Hub与《湖泊科学》合作——探索藻类大数据共享平台

发布日期:2020-08-31 17:38:00 浏览次数:1150

目前科研论文的发表,尤其是关于DNA测序的文章,往往需要原始数据(序列)上传至相应的第三方平台,其中以美国国家生物技术信息中心National Center for Biotechnology Information (NCBI)为主。Algae-Hub联手《湖泊科学》,推出藻类数据发表共享平台,希望能和各位同行一起关注和研究藻类,推动我国藻类学研究和发展。同时,探索我国的生物资源信息化建设。

1. 应用实例

江西师范大学和中科院水生生物研究所团队从柘林湖分离得到24株长孢藻,经形态鉴定分属4个种类,相关研究成果发表于领域内权威期刊《湖泊科学》。研究中所有藻株的16S rRNA基因全长序列已上传至Algae-Hub基因库,并生成唯一的Algae-Hub基因库编号,研究人员可直接在Algae-Hub上搜索获取序列信息,同时也可以使用网站序列比对功能进行序列分析。

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图1 文章研究方法流程图

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图2 24个藻株在Algae-hub基因库的序列号

2. Algae-Hub藻类核酸序列信息数据共享平台

Algae-Hub汇编了中国藻类形态分类信息,包含了藻种中文名、拉丁名、代表性图片、形态特征描述、生境描述等各个方面的信息,目前已经完成常见的两百余种藻种的形态信息整理与发布。藻类形态数据库不仅提供了藻类在线搜索查询功能,也是实现人工智能图像识别的基础资源,Algae-Hub团队全力推进藻类图像快速识别在藻类生物监测等领域的应用。

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Algae-Hub藻类数据基因库是Algae-Hub团队搭建的藻类分子数据库平台,包含了4部分内容:Gene BankMy Data PoolIdentificataionPhylogenetic Tree

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3. 基因数据的在线发表

Alage-Hub致力于藻类学研究资源共享的大数据平台,结合形态学、分子生物学,以及代谢组学和蛋白组学等数据,并通过数据的整合和校验,搭建了藻类研究的数据在线发表与共享平台。李仁辉团队Dolichospermum相关藻株的16S rRNA和ITS序列数据已提交公布于Algae-Hub数据库。

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Algae-Hub目前接收在线发表的数据包括物种高质量图片、核酸序列(含单藻株分子标签序列、基因组、转录组、宏基因组和宏转录组等数据,测序类型包括一代、二代和三代测序数据)、代谢组数据、蛋白组数据。Algae-Hub将联手《湖泊科学》,共同探索藻类数据发表共享平台!