扩增子分析数据库——Silva入门

对于扩增子高通量测序数据的分析，数据库的选择和使用直接影响结果信息的准确性和展示。了解常用数据库的基本信息和特征对数据库的选择具有重要指导意义。

这里我们一起认识核糖体RNA数据库——Silva。

    Silva主页：https://www.arb-silva.de/

核糖体RNA序列包含大量物种进化信息，是微生物的“身份证”，可用于物种的分子识别、进化关系分析等。Silva在线综合资源数据库收录、检查并定期更新细菌（Bacteria）、古菌（Archaea）和真核微生物（Eukarya）三域（Domain） 的SSU和LSU序列，同时提供在线序列比对、物种识别、进化树构建（Silva Alignment， Classification and Tree service， ACT）及扩增子测序数据的分析（Silvangs）等功能。

      细菌和古菌16S rRNA数据库

      真核18S rRNA数据库

       数据查询及获取

1）Silva 主页Browser板块可以浏览到自己感兴趣的物种序列的收录情况：

2）Silva主页Download板块Archive可以查询到数据下载包：

3）Silva主页Documentation板块可以了解收录数据的整体情况，包括收录序列的统计、序列质控方法、序列来源等的说明。

Silva数据库功能

   1.单个样品序列的在线比对和分析：ACT（Alignment， Classification and Tree service）

  2.下载数据包至本地进行进化树分析或安装至扩增子分析流程：Download/Archive

  3.基于其数据库资源提供引物和探针的设计和在线分析: Search/TestPrime；FISH & Probes

  4.高通量测序数据的分析：SILVAngs

宏众百德可根据您的需求采用适宜数据库的完成分析工作，同时我们致力于藻类数据库的构建，为您的蓝藻微生态分析工作提供有力保障。